La muestra se organiza alrededor de cinco bloques. Los dos primeros presentan los aspectos sociales, políticos y religiosos que engloban las actividades de los tribunales inquisitoriales, se trata de la del marco de referencia cuya información es el soporte para la presentación de los aparatos y máquinas utilizados en las sesiones de tortura.

La intencionalidad global de la exposición evita el tenebrismo haciendo que el visitante comprenda la verdadera dimensión de las actividades de la Inquisición, su organización, su importancia como motor y censor de ideas y actitudes y las consecuencias que de ello se derivaban para las sociedades del momento.

En cualquier caso, la presentación de los aparatos y máquinas usados por los tribunales civiles y eclesiásticos para obtener confesiones, se realiza de tal modo que transmita al visitante la angustia y el temor que los acusados pudieron sentir en lo que los inquisidores llamaban “a la vista del tormento”.

Junto con los instrumentos, se exhiben a lo largo de toda la muestra los textos y grabados que permiten contextualizar lo que se está viendo. En este sentido el orden en que se organiza la exposición sirve para comprender la dimensión social del temor, cuando no abiertamente terror, que provocaba la posibilidad de ser acusado ante el Tribunal. Este debería ser la intención primordial evitando en lo posible el morbo ante el espectáculo de la tortura.